Die Mutter heiratete 1917 den Bauern Heinrich Jägerstätter, der bei der Hochzeit das Kind seiner Frau adoptiert.
1933 wird er Vater der Tochter Hildegard. 1935 lernt er Franziska Schwaninger, Bauerntochter aus dem benachbarten Hochburg, kennen und sie heiraten am Gründonnerstag 1936. Sie bewirtschaften gemeinsam den Leherbauernhof. Franz Jägerstäter ist ab 1941 Mesner in St. Radegund.
Aus der Ehe gehen drei Töchter hervor, Rosalia (*1937), Maria (*1938) und Aloisia (*1940).
Den Nationalsozialisten verweigert Jägerstätter von Anfang an jede Zusammenarbeit, denn Christentum und Nationalsozialismus sind für ihn völlig unvereinbar.
1940 wird Jägerstätter zum Militärdienst einberufen, aber zweimal unabkömmlich gestellt. Einer weiteren Einberufung leistet er nicht mehr Folge, denn "mitzukämpfen und zu töten, dass Hitler die ganze Welt beherrschen könne", sieht er als Sünde und persönliche Schuld an.
Am 1. März 1943 erklärt er nach seiner erneuten Einberufung bei der Stammkompanie in Enns, "dass er auf Grund seiner religiösen Einstellung den Wehrdienst mit der Waffe ablehne, dass er gegen sein religiöses Gewissen handeln würde, wenn er für den nationalsozialistischen Staat kämpfen würde und er könne nicht gleichzeitig Nationalsozialist und Katholik sein."
Jägerstätter wird in das Wehrmachtsuntersuchungsgefängnis im Linzer Ursulinenhof gebracht und Anfang Mai in das Wehrmachtsuntersuchungsgefängnis Berlin-Tegel überstellt. Am 6. Juli 1943 wird Franz Jägerstätter wegen "Wehrkraftzersetzung sowie zum Verlust der Wehrwürdigkeit und der bürgerlichen Ehrenrechte" verurteilt.
Am 9. August 1943 wird er in Brandenburg/Havel enthauptet.
Ab 1989 werden im Auftrag von Diözesanbischof Maximilian Aichern Personen, die Franz Jägerstätter gekannt haben, als Zeugen einvernommen. 1997 wird der Seligsprechungsprozess für Franz Jägerstätter offiziell eröffnet und am 21. Juni 2001 auf diözesaner Ebene abgeschlossen.
Der Vatikan bestätigt am 1.Juni 2007 offiziell das Martyrium.
Zeittafel Franz Jägerstätter