Reformation, Gegenreformation und Barock
Die bekannten spätmittelalterlichen Verfallserscheinungen der Kirche und die Dynamik der neuen Lehre Martin Luthers bedingten auch bei uns eine sehr rasche Rezeption reformatorischen Ideengutes. Unter Reformation versteht man in der Kirchengeschichtsschreibung die von Martin Luther ausgegangene Bewegung, die zur Kirchenspaltung führte (Luther hatte allerdings nie daran gedacht, eine neue Kirche zu gründen).
Unter der Gegenreformation versteht man eine Summe politischer Maßnahmen (Verfolgung, Ausweisung, Inquisition, Bücherverbrennungen, Kriege etc.), durch die der Protestantismus zurückgedrängt werden sollte. Daneben setzte eine Selbstreform der katholischen Kirche ein, die als „katholische Erneuerung“ bezeichnet wird. Diese war zum Teil eine Reaktion auf das Reformationsgeschehen, zum Teil aber auch eine eigenständige Kraft, deren Wurzeln ins Spätmittelalter zurückreichen und die seit der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts durch das Papsttum, das Konzil von Trient und das Ordenswesen einen starken Auftrieb erhielt.
Die Zeit der Reformation brachte die katholische Kirche in unserem Land an den Rand ihrer Existenz und fast zum völligen Verschwinden. Im Jahr 1517 schlug Martin Luther seine Thesen an der Schlosskirche zu Wittenberg an, was in weiterer Folge zur Glaubensspaltung führte. Die bedeutenden oberösterreichischen Adelsfamilien (Starhemberg, Jörger in Tollet und Köppach sowie Pollheimer auf Schloß Wartenburg) wandten sich sehr schnell der neuen Lehre Martin Luthers zu. Die entscheidende geistige Einbruchstelle des Luthertums in unserer Gegend war Köppach. Dorothea Jörger stand durch 20 Jahre in direktem Briefverkehr mit Martin Luther, ihr Sohn Christoph besuchte persönlich Luther in Wittenberg. Von 1525 bis 1545 hat Martin Luther 27 Briefe an die Jörger in den Herrschaften Tollet und Köppach geschrieben.
Dorothea Jörger brachte auch den ersten lutherischen Prediger nach Österreich und errichtete eine evangelische Kirche in Köppach. Im Jahre 1515 war die Vogtei über die Kirche Atzbach auf den Landeshauptmann Wolfgang Jörger übergegangen. Der Protestantismus wurde daher im Bereich der Pfarre Atzbach sehr lebendig.
Unter Kaiser Rudolf II. (1576–1612) wurde die Gegenreformation eingeleitet, die besonders unter Kaiser Ferdinand II. (1619–1637) zu strengen Maßnahmen der Rekatholisierung führte. Kaiser Ferdinand II. verfügte im Jahr 1624, dass sämtliche lutherischen Prediger das Land zu verlassen hatten. Im Jahr 1625 erschien das Reformationspatent, welches allen befahl, bis Ostern 1626 zum katholischen Glauben überzutreten oder das Land zu verlassen. Dies - aber auch sozialpolitische Aspekte - führte zum oberösterreichischen Bauernkrieg des Jahres 1626. Am 20. November dieses Jahres wurden auf der Schanze in Wolfsegg 2.000 Bauern durch den Reitergeneral Pappenheim vernichtend geschlagen. Im Jahr 1632 kam es zu einer weiteren Erhebung der Bauern, bei der am 1. September Schloß und Markt Wolfsegg wiederum besetzt wurden.
Mit dem strengen Arm des Kaiserhauses, das katholisch geblieben war und nach vereinbartem Gesetz (Augsburger Religionsfriede 1555) die Religion seiner Untertanen bestimmen konnte, kehrte das Land Ob der Enns wieder zum katholischen Glauben zurück. Trotz inneren Widerstands der Geheimprotestanten fasste der katholische Glaube wieder Wurzeln im Volk.
In der Pfarre Atzbach hat Pfarrer Balthasar Gleisser (1655–1690) durch seine zielbewusste Arbeit die Voraussetzungen für eine ordentliche Seelsorge im weiten Pfarrgebiet geschaffen. Gleisser war sich dessen bewusst, dass ein Grund für die starke Ausbreitung des Luthertums in der Pfarre Atzbach der Mangel einer ständigen Seelsorge gewesen war. Er errichtete daher eigene Seelsorgestellen in den Filialen. Auch in Wolfsegg errichtete er im Jahr 1689 ein Benefizium, wodurch sechs Wochenmessen in Wolfsegg gestiftet wurden. Erster Benefiziat war Christophorus Spazierer. Wolfsegg hatte von dieser Zeit an einen eigenen Seelsorger, der aber weiterhin dem Pfarrer von Atzbach unterstand.