Die erste urkundliche Erwähnung einer Kirche stammt aus 1208. Das jetzige Langhaus wurde um 1510, vermutlich vom selben Baumeister wie die Pfarrkirche, errichtet.

Beachtlich das verstäbte spitzbögige Südportal, das eindrucksvolle Sternrippengewölbe mit kreuzförmigen Rippenansätzen, sowie eine Wandmalerei im Chorraum aus der Zeit um 1400 (König unter Baldachin). Die Glasmalereien stammen von Margret Bilger (1964).

Die Kirche wurde 1786 von Joseph II. aufgelassen und ist seit 1816 im Besitz der Starhemberger. 1964 wurde sie zur Gedächtnisstätte für die Opfer der beiden Weltkriege des Bezirkes Freistadt umgestaltet.

Heute wird die Wenzelskirche vereinzelt für Veranstaltungen genutzt. Für eine Abklärung, was in der Wenzelskirche möglich ist und eine eventuelle Reservierung ist eine Kontaktaufnahme mit dem Gemeindeamt Wartberg ob der Aist notwendig. Zwischen der Gemeinde und der Familie Starhemberger gibt es Vereinbarungen bezüglich der Nutzung der Wenzelskirche.

Taufen sind in der Wenzelskirche nicht möglich.