1111:

Erste urkundliche Erwähnung. 

Wann die Kirche wirklich erbaut wurde (ursprünglich als  Holzkirche), lässt sich nicht feststellen. Zweifellos gab es hier wegen der Verbindung des Nordens mit der Donau schon Jahrhunderte vor der 1. urkundlichen Erwähnung Ansiedlungen und Pflege des christlichen Glaubens.

1128:

Weihe der Kirche (die alte Holzkirche wurde durch einen Steinbau  ersetzt) durch Bischof Reginmar von Passau. In dieser Zeit wird  Wartberg auch eine eigene Pfarre. Bis dahin gehörte Wartberg und Umgebung zur Florianer-Pfarre Ried/Rdm.

1508:

Weihe des gotischen Langhauses, das nach der Zerstörung in den Hussitenkriegen (1422) und den Böhmischen Grenzkriegen (1468) als dreischiffige Halle mit Netzrippengewölbe neu errichtet wurde. Auch die Filialkirche St. Wenzelslaus sowie die Kirche der hl. Anna in  Pregarten, die ebenfalls eine Filiale von Wartberg war, wurden nach den Hussitenkriegen alsbald wieder neu aufgebaut.

1635:

Die bisher zum Stift St. Florian gehörige Pfarre Wartberg wird Weltpriesterpfarre.

1652:

Pfarrer Johannes Biller lässt den Pfarrhof neu bauen. Der alte Pfarrhof, der niedergerissen wurde, hatte ganz einem Bauernhaus  geglichen.

1776 - 1785:

Bedeutende Änderungen mit der Pfarre Wartberg. Die große und alte  Mutterpfarre wurde zerstückelt und es entstanden aus ihr die Pfarren  Pregarten und Hagenberg (1785).

Ein anderer Teil der Pfarre Wartberg wurde schon 1776 an die  Pfarre Kefermarkt übergeben. Dagegen kam die vormals zur Pfarre  Gallneukirchen gehörige Ortschaft Obervisnitz zu Wartberg.

1785:

Wartberg wird zur Dekanatspfarre erhoben, und Pfarrer Ignaz Schmidhuber wird der 1. Dechant. In diesem Jahr, in dem auch die  Diözese Linz aus der Diözese Passau herausgelöst und eigene Diözese  wurde, werden die Dekanate von 12 auf 26 vermehrt. Wartberg gehörte bis 1785 zum großen Dekanat Freistadt (48 Pfarren).

Zum Dekanat Wartberg gehörten jetzt die Pfarren: Allerheiligen, St. Georgen an der Gusen, Hagenberg,  Katsdorf, Mauthausen, Naarn, Pregarten, Ried, Schönau, Schwertberg,  Steyregg, Tragwein, Wartberg und Zell.

1908:

gab man bei der Neuverteilung der Dekanate der jüngeren Pfarre Pregarten den Vorzug gegenüber Wartberg.

Im 20. Jahrhundert

wirkten sich die raschen Veränderungen der Zeitverhältnisse auch auf die Pfarre aus:

Pfarrer Josef Schardinger (1903 - 1938 Pfarrer in Wartberg) hatte sich noch mit Eifer der pfarrlichen Landwirtschaft gewidmet.

Sein  Nachfolger Pfarrer Hermann Leichtenmüller (1938 - 1964) führte die Wirtschaft noch weiter, aber die Zeitverhältnisse zwangen ihn schließlich, 1956 den Pfarrpfründengrund zu verpachten. Das  Wirtschaftsgebäude musste dem Bau eines Pfarrheimes weichen (Einweihung 1961).

Unter Pfarrer Johannes Edlmüller (1964 - 1980) wird die Sakristei in eine Wochentagskapelle umgewandelt (1972), der  Kindergarten gebaut (zweigruppig; Baubeginn Oktober 1972, Eröffnung des  Kindergartenbetriebes November 1973, Einweihung 21. September 1975)  und der Friedhof erweitert (eingeweiht am 12. Juli 1980). Wichtige seelsorgliche Neuerungen werden eingeführt, vor allem die Erneuerung der Liturgie und des Pfarrgemeindelebens (Pfarrgemeinderat, Bildung von Arbeitskreisen u.a.).

Auch die letzten Jahrzehnte unter Pfarrer Rudolf Himmelreich (1980 – 2011, davon zwei Jahre als Pfarrmoderator gemeinsam mit Pfarrassistentin Elfriede Neugschwandtner) waren von einer starken Bautätigkeit geprägt, wovon die gesamte Pfarranlage betroffen war: Friedhofsverlegung, Pfarrhofsanierung, Außenrenovierung der Pfarrkirche, Renovierung des Kreuzweges auf den Kalvarienberg, Innenrenovierung der Pfarrkirche, Pfarrheimneubau, Erweiterung des Kindergartens durch Aufstockung, Errichtung eines sturmsicheren Kirchendaches, Sanierung des Hauses Pfarrplatz 4 für eine neue Kindergartengruppe, Renovierung der Kirchenfenster, Errichtung eines barrierefreien Zuganges vom Marktplatz zur Pfarrkirche.

Alle Baumaßnahmen wurden in erstaunlichem Maß von der Pfarrbevölkerung durch freiwillige Arbeitsleistungen und Spenden mitgetragen.

Ebenso wurden zahlreiche seelsorgliche Schwerpunkte gesetzt. Dazu gehören ein gut ausgebautes Wohnviertelapostolat, Dorfabende, Adventabende, spirituelle Angebote wie Bibelabende, Exerzitien im Alltag, das Bemühen um eine lebensnahe Liturgie, Sorge um lebendige Hauskirche, das Bemühen um einen großen Mitarbeiterkreis; jeder soll einen guten Platz in der Pfarre haben und seine besonderen Fähigkeiten einbringen können.

Seit September 2011 steht die Pfarre unter neuer Leitung: Diakon Mag. Franz Küllinger aus Gallneukirchen als Pfarrassistent und Mag. Johann Resch, zugleich Pfarrer in Bad Zell und Dechant des Dekanates Pregarten, als Pfarrmoderator tragen gemeinsame Leitungsverantwortung für Wartberg.

2014: Umfangreiche Innenrenovierung der Pfarrkirche.