Einer Legende zufolge fanden Holzfäller mitten im Wald eine vom Wasser angeschwemmte Marienstatue, der sie dann eine "Zelle" bauten. Von diesem Zeitpunkt an wurden Andachten rund um diese Zelle abgehalten. Die Zelle wurde zu einer Kapelle und später zu einer Kirche erweitert, es entstand der Ort "Waldzell", der Ziel vieler Wallfahrer wurde. Pilger, v.a. Innschiffer, besuchten die Kirche, und baten die Mutter Gottes von Waldzell um Schutz und Hilfe bei Wassergefahren.
Eine erste urkundliche Erwähnung der Kirche stammt aus dem 13. Jhdt. Ursprünglich umfasst die Pfarre Waldzell die Orte Schildorn, Pramet und Lohnsburg, wurde dann aber im Zuge der josefinischen Pfarrreform im 18. Jhdt. verkleinert. Das Kirchengebäude stammt - so wie wir es heute kennen - aus dem 15. Jhdt und ist ein typischer Bau des bayerisch-österreichischen Grenzgebietes. Natürlich gab es immer wieder Umbauten und Renovierungsarbeiten, nicht zuletzt im Jahre 1974, als ein gewaltiger Sturm den Turm in Höhe der Uhr abriss. Die letzte Außenrenovierung wurde 2014 vorgenommen.
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