Eine Abschrift eines Ablassbriefes aus dem Jahr 1587 besagt, dass die der Hl. Margareta geweihten Pfarrkirche, wie wir sie heute kennen, im Jahre 1478 unter Papst Sixtus IV., im Stil einer spätgotischen Wehrkirche erbaut wurde.
Heute ist es nicht mehr genau bekannt, wann die erste Kirche in Sipbachzell erbaut wurde, jedoch wird der Bau zu einer Zeit vermutet, als die Ungarn im Jahr 943 die Klöster in der Umgebung verwüstet hatten. Mönche, die damals im Umkreis Schutz suchten, bauten dann vereinzelt "Zellen" und "Kapellen". Noch heute spiegelt sich im Ortsnamen Sipbachzell der Bau einer solchen Zelle.
Einer alten Sage nach, soll einst an Stelle der heutigen Pfarrkirche ein Heidentempel gestanden haben, auf dessen Überresten dann die erste Kirche gebaut wurde.
Im Jahre 1179 wird erstmals namentlich eine Kirche am Sipbach in einer Schriftrolle von Papst Alexander III erwähnt.
In einer anderen Schriftrolle aus dem Jahr 1248, zur Zeit von Papst Innozenz IV, wird eine Kirche unter den Filialen der Pfarre am Kirchberge angeführt, deren Erbauung auf das Jahr 1098 fällt.
Später im Jahr 1196 wird durch den Passauer Bischof Wolker die "Kapelle des Hl. Michaels am Kirchberge" eingeweiht. Hierbei lässt sich historisch vermuten, dass hierunter die „Kirche am Sipbach“ zu verstehen sei, da hier schon immer der Hl. Erzengel Michael als zweiter Namenspatron verehrt wurde und auch sonst keine Nachweise zu finden sind, dass unter diesem Namen an dortiger Stelle eine Kapelle gestanden habe.
Erstmals tauchten 1420 historische Beweise für eine eigene Pfarre in Sipbachzell auf.
In einem Streit-Dokument zwischen Abt Jacob zu Kremsmünster und dem Pleban Heinrich zu Weißkirchen wird hier erstmals ein Andreas, Pleban in Sipbachzell, als Zeuge mit angeführt.
Der Pfarrbezirk wurde vermutlich zum größten Teil von der Mutterkirche am Kirchberge und zu Teilen aus den Pfarren Thalheim und Weißkirchen entnommen.
Der damalige Pfarrbezirk erstreckte sich der Länge nach auf 2 Gehstunden und der Breite nach auf 1 ¼ Gehstunden. Er umfasste 8 Ortschaften mit 220 Häusern und 1400 Einwohnern.
Die Grenzen gingen im Osten bis zur Pfarre Kematen, im Süd-Osten und Süden bis zur Pfarre Kirchberg bei Kremsmünster, im Westen bis zur Pfarre Steinhaus und im Norden bis zur Pfarre Weißkirchen und Eggendorf.
Heute ist unsere Pfarre ein Teil vom Dekanat Kremsmünster.
Das Stift Kremsmünster als Leitungsstelle des Dekanats zählt neben der Pfarre Sipbachzell noch dreizehn weitere Pfarren zu seinem Wirkungskreis.
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