Man nimmt an, daß in den römischen Kastellen Ufernorikums (Eferding als Kastell mit kleiner Zivilsiedlung) von der Zeit des Martyriums des Hl. Florian (304) bis in die Tage der missionarischen Tätigkeit des Hl. Severin (482) Christengemeinden bestanden haben.

Das Patrozinium der Kirche (Hl. Hippolyt – Martyrium 235) geht auf römische, wahrscheinlicher aber auf die Zeit bayrisch-fränkischer Neuchristianisierung zurück (Mitte 8. bis frühes 9. Jhdt).

Die Nennung Eferdings im Nibelungenlied des Bischofs Pilgrim von Passau (971-991), weist auf eine überragende Bedeutung des Ortes und einer Kirche hin.

1145 findet sich die erste urkundliche Erwähnung eines Rantvicus plebanus de Efridinge, 1202 die eines Leutoldus plebanus de Efridinge.

Die Bischöfe von Passau sind Herren der Stadt und des Burgfrieds. Sie haben die Lehenschaft über Kirche und Pfarre und besetzen sie mit Mitgliedern ihres Kapitels oder ihrer bischöflichen Kapelle (Capellani). 1222 verleihen sie Eferding das Stadtrecht.

Es gibt keine formelle Pfarrerhebungsurkunde. Das Patrozinium zum Hl. Hippolyt läßt darauf schließen, dass unsere Pfarre länger besteht als die erste urkundliche Erwähnung einer selbständigen Pfarre im Jahre 1209.

1367 kaufen die Grafen von Schaunberg die Stadt Eferding und das Kirchlehen vom Passauer Bischof Albert  III. und setzen Kleriker aus ihrem Ministerialadel und aus bürgerlichen Kreisen ein.

Von 1451 bis 1505 wird die Stadtpfarrkirche erbaut.

Von 1559 bis 1624 sind an der Kirche protestantische Prediger tätig. Patronatsherren und ca. 75 Prozent der Bevölkerung bekennen sich zum Protestantismus. 

1625 Wiedereinsetzung katholischer Priester. Die Rekatholisierung gestaltet sich schwierig.

Die Theresianisch/Josefinischen Reformen verändern Umfang und Grenzen der Altpfarre Eferding. Vor der Pfarrregulierung gehörten 65 Ortschaften dazu. Es müssen 23 abgetreten werden und zwar an Stroheim, Prambachkirchen, St. Marienkirchen/P. und an Scharten, das aus einer Filialkirche von St. Hippolyt zu einer selbständigen Pfarre erhoben wird.

Seit 1859 ist Eferding Dekanat. Die Patronatsherrschaft der Starhemberger ist seit 1968 aufgehoben.