Krypta
An der Spitze des Raumes ist eine Gedenktafel anlässlich der Grundsteinlegung angebracht. Im Boden sind die Grabplatten über den Gräbern der Linzer Bischöfe zu sehen. Vorne in der Mitte ist das tatsächliche Grab von Bischof Rudigier. Die Tumba in der Oberkirche befand sich früher an diesem Platz über dem Grab. Auch seine sechs Nachfolger und Erzbischof Alois Wagner liegen hier begraben.
Die Gebeine seiner vier Vorgänger wurden 1929 aus der Gruft des Alten Domes hierher übertragen. Rechts vorne ist für sie eine Gedenktafel angebracht.
Drei Kapellenfenster zeigen Jesus als Weltenrichter mit Waage, Schwert und Lilie (Mitte), Maria als Schmerzhafte Muttergottes (links) und Johannes den Täufer als Fürsprecher mit dem Lamm Gottes (rechts). Die übrigen Fenster zeigen Symbole von Tod, Auferstehung und Gericht.
In der Krypta des Mariendoms befindet sich auch die berühmte Krippe von Sebastian Osterrrieder sowie – im Advent – die digitale Krippe im Dom.