Studiert hat Wolfgang Kreuzhuber nach dem Besuch des Brucknerkonservatoriums an der Musikhochschule Wien Musikpädagogik und Orgel bei Anton Heiller und Michael Radulescu.
Kreuzhubers Liebe gilt nicht nur dem Spielen und Improvisieren, dem Komponieren und Arrangieren, auch dem Forschen und Lehren widmet sich Kreuzhuber mit großer Leidenschaft. 1982 wurde er als Domorganist an den Linzer Mariendom berufen. Als Obmann des Dommusikvereins Linz konzipiert und organisiert Wolfgang Kreuzhuber auch schon seit vielen Jahren den ORGEL.SOMMER im Mariendom Linz, bei dem renommierte und junge Künstlerinnen und Künstler an der Rudigierorgel, „einer der herrlichsten Orgeln der Welt“ (Gaston Litaize) zu Gast sind.
Nach seiner Promotion zum Doktor der Philosophie an der Universität Salzburg folgten Lehraufträge und Gastprofessuren in Orgelimprovisation an österreichischen Musikuniversitäten.
Von 2003 bis 2022 war Kreuzhuber an der Universität für Musik und darstellende Kunst Wien im Bereich Orgelforschung tätig: eine gelungene Abwechslung zur Leitung des Konservatoriums für Kirchenmusik der Diözese Linz, die er noch bis Ende des Studienjahr 2021/2022 innehat. Mit seinen Studierenden und Lehrenden ist er seit vielen Jahren bei musica sacra – musik in linzer kirchen zu Gast und geht einer weiteren Leidenschaft – dem Dirigieren – nach und ist stets auf der Suche nach musikalischen Raritäten für den Chor des Konservatoriums für Kirchenmusik der Diözese Linz.
Rege Konzerttätigkeit im In- und Ausland, zahlreiche Rundfunk-, Fernseh- und CD-Aufnahmen sowie Einladungen als Referent in Sachen Orgelspiel, Orgelimprovisation und Orgelbau runden sein Schaffen ab.
