Die Geschichte des theologischen Lehrbetriebs in Linz setzt mit dem Studienjahr 1672/73 ein. Unterrichtet wurde von 1672-1776 im Jesuitenkolleg (heute Hauptpost/ Domgasse 1), dann von 1776-1783 und von 1794-1853 im ehemaligen Garstner Stiftshaus am Pfarrplatz. Zwischen 1783 und 1794 musste Theologie an den von Kaiser Josef II. errichteten Generalseminaren (Wien, Prag) absolviert werden. Mit dem Zurücktreten des josefinischen Einflusses wurde 1850 der theologische Studienbetrieb dem Bischof unterstellt und 1853 in das heutige Priesterseminar verlegt.

1804 hatte Bischof Joseph Anton Gall dieses Objekt samt Kirche der ehemaligen Deutschordenskommende aus eigenen Mitteln erworben und 1806 als Diözesanseminar eröffnet, um möglichst allen Alumnen Unterkunft bieten zu können. Zuletzt hatten die Theologen teils in Privatquartieren, teils im ehemaligen Ignatiusseminar der Jesuiten gewohnt (Domgasse 6).

Bereits 1831 musste Bischof Gregorius Thomas Ziegler das Haus um 6 Fensterachsen nach Westen erweitern; 1898/1900 wurde aufgestockt, 1931/32 ein Wohntrakt (Neubau) angefügt.

Von 1938/39 bis 1945 war das Seminar von Wehrmacht und Polizei beschlagnahmt. Es musste ab 1939 im Stift Wilhering und dann 1944/45 im Kloster der Oblatinnen (Urfahr, Kapellenstraße 8) sein Notquartier aufschlagen. Die Rückkehr in die Harrachstraße erfolgte mit 5. Juni 1945.

Da man von dem geplanten Seminarbau am Freinberg Abstand nahm, schritt man 1969/74 zur Generalsanierung des Hauses in der Harrachstraße. Die neue Hauskapelle wurde 1975 geweiht.

Ab 1972/73 wurde in Linz das Theologiestudium auch für „Laientheolog/inn/en“ eröffnet. Der wachsende Hörerstand und der Aufschwung des Lehrbetriebes (Erhebung zur Päpstlichen Fakultät im Jahre 1978/1988) machten eine Umstrukturierung notwendig, die mit der Eröffnung des Fakultätsneubaus in der Bethlehemstraße 1988 eine großzügige Lösung fand.

Durch die räumliche Ausgliederung des Hochschulbetriebes erhielt das Seminar Raum für die Entfaltung des nötigen „Eigenlebens“ zurück; dies verlangte aber zufolge der geänderten Verhältnisse eine bauliche Entsprechung. 1992 gab der Priesterrat die Zustimmung zur Adaptierung und Sanierung des Seminargebäudes, die 1993/94 durchgeführt wurde. Das Haus bietet heute überdies dem Diözesanarchiv, dem Institut pastorale Fortbildung sowie Instituten der Katholischen Privatuniversität Unterkunft.