Den Grund dafür bildeten keineswegs strategische Überlegungen "höheren Orts", vielmehr kam der aus Kirchheim a. d. Mindel (bei Augsburg) gebürtige im Zuge einer Odyssee auch nach Linz. Sein Wunsch, als Benediktiner im Stift Wiblingen bzw. im universitären Umfeld in Freiburg im Breisgau und Konstanz zu wirken, wurde ihm bald versagt. Als 31jähriger hatte P. Gregor das Priorat in seinem Kloster unmittelbar vor dessen Säkularisation zu übernehmen (Aufhebung 1806).
Ziegler verließ notgedrungen mit einem Teil seiner Ordensbrüder die Heimat und ging, der Einladung des Kaisers folgend, nach Tyniec bzw. Krakau (1806 - 1810). Sie konnten sich allerdings in der dortigen Benediktinerabtei aus nationalen und politischen Gründen nicht halten.
Als ihm der Kaiser 1810 die Lehrkanzel für Kirchengeschichte in Linz übertrug, wirkte die keineswegs josephinisch ausgerichtete Persönlichkeitsstruktur Zieglers im hiesigen Lehrkörper fast zwangsläufig wie die eines Fremdlings. Ziegler soll sogar der einzige Professor gewesen sein, der hier "rein katholische Lehre" vortrug. Bischof Sigismund Ernst von Hohenwart (1811/1815 – 1825) mahnte Ziegler, die Kirchengeschichte "mit weiser Mäßigung, mit Würde und Pietät" vorzutragen und ermunterte ihn, ein Lehrbuch für die Vorlesungen auszuarbeiten, mußte aber das staatlich dekretierte Lehrbuch der Kirchengeschichte (von Matthias Dannenmayer) verwenden, das auf dem römischen Index der verbotenen Bücher stand. Doch auch Linz war zunächst nur Durchgangsstation, denn nach vergeblichen Bewerbungen Zieglers um die Professur in Moral (1811) und in Kirchengeschichte (1812) in Wien berief ihn Kaiser Franz I. 1815 an die Lehrkanzel für Dogmatik der Wiener Universität. Beim Abschied aus Linz ernannte Bischof Hohenwart Professor Ziegler zum Konsistorialrat.
Als ihn Kaiser Franz I. 1822 zum Bischof der neu errichteten Diözese Tyniec-Tarnow in Galizien berief, folgte der habsburgertreue "Vorderösterreicher" - wenn die Rede auf einen Prinzen oder auf sein Kaiserhaus kam, erhob er segnend die Hand - auch diesem Wunsch, obwohl dort alle grundlegenden Voraussetzungen für einen Bischofssitz erst eingerichtet werden mußten. Auch in Hinblick auf die fehlende örtliche Sprachkenntnis - die wichtigsten Hirtenschreiben erflossen deshalb in Zieglers geläufiger lateinischer Sprache und in polnischer Übersetzung – dürfte er die Versetzung an den Linzer Bischofsstuhl "als Beförderung" empfunden haben. Selbst seine "Erfahrungen" als Professor für Kirchengeschichte hielten ihn offensichtlich nicht ab, nach Linz zu gehen.
Obwohl er 1821 durch Päpstliches Reskript in den Weltpriesterstand versetzt wurde, firmierte er weiterhin auch mit seinem Ordensnamen Gregorius.
1827 als Bischof von Linz bestellt, bereitete ihm der Kapitelvikar (und ebenfalls Bischofskandidat) Franz Xaver Ertl - über ihn bemerkte der Wiener Erzbischof Milde, "er (Ertl) hatte in frühen Jahren zu viel Ruhm als daß er sich beschränken und fügen gelehrt hätte" - einen enttäuschenden Empfang. Die bischöfliche Residenz befand sich nach zweijähriger Vakanz des Bistums in einem verwahrlosten Zustand. Die weiten Räume standen leer, die Wohnzimmer waren ohne Einrichtung, der große Saal über der Einfahrt entbehrte des Fußbodens und diente als Holzlage. Im Bischofshof, seinem künftigen Wohn- und Amtssitz, war also schlichtweg nichts gerichtet, zudem war die Dotationsfrage nicht definitiv geklärt.
Auch der hiesige Umgang mit dem josephinischen Toleranzpatent war nicht auf Ziegler zugeschnitten. Daß er die Visitationsberichte an den Kaiser (bis 1834), auch mit literarisch bemerkenswerten Exkursionen versehen, nach einer bürokratischen Beanstandung einstellte, zeigten sowohl Zieglers Begabung als auch sein Temperament auf.
Der Ausbau des Linzer Priesterseminars (1831) und in späteren Jahren die zumindest ansatzweise Gründung eines Knabenseminars in Linz und schließlich dessen Errichtung bei den Jesuiten auf dem Freinberg (1851) waren gelungen. Der ursprüngliche Plan, in Garsten ein Knabenseminar zu errichten, hatte sich zerschlagen, weil der Staat die Hauptgebäude des ehemaligen Stiftes Garsten zur Schaffung einer Strafanstalt übernommen hatte (1850). Die Förderung der Priesterausbildung sowie die Errichtung von klösterlichen Niederlassungen in seiner Diözese (auch die Unterstützung und Förderung neuer Gründungen in Übersee (USA, Australien)), wobei ihm private Stiftungen oft den Weg bereiteten, dokumentieren Zieglers erfolgreiche restaurative Maßnahmen in der Spätphase des Josephinismus. Das "System" konnte erst gegen Ende der Amtszeit Zieglers überwunden werden. Die politisch kaum goutierte, aber ungeheuer erfolgreiche Volksmission in der Stadt Linz (1850) ist ein beredtes Zeichen hiefür. Die neuerliche Verschränkung von Kirche und Staat (Konkordat 1855) hatte Bischof Ziegler nicht mehr erlebt.
Bischof Ziegler hatte nie die visitatio ad limina (den offiziellen Besuch der Bischöfe in Rom) gemacht, diese war bekanntlich den österreichischen Bischöfen von der Regierung untersagt. Als diese jedoch möglich geworden wäre (nach 1848), war er aus gesundheitlichen Gründen dazu nicht mehr in der Lage. Auch die neukonstituierten Bischofskonferenzen, bereits 1831 hatte er bischöfliche Versammlungen angeregt, konnte er nicht mehr besuchen. Bei den Versammlungen in Wien (ab 1849) hatte der Domherr Dr. Franz Rieder seinen Bischof vertreten.
Die ab der Mitte der 40iger Jahre fortschreitende Erblindung, 1849 mußte sich Ziegler einer schweren Augenoperation unterziehen, schränkte die Kontakte des Bischofs merklich ein. Ja, der Wiener Erzbischof klagte, daß man ihm keinerlei vertrauliche Briefe senden könne, da davon viele Unberufene Kenntnis erhielten.
Den (letzten) Hirtenbrief für das Jahr 1852 diktierte der Bischof "im Vorgefühl des nahen Todes". Im Rückblick auf sein bischöfliches Wirken vermerkte er, daß er die ganze Diözese visitiert und überall gefirmt hatte. In den Mittelpunkt des Hirtenschreibens stellte er die drei göttlichen Tugenden. Es wurde sein Abschiedswort. Dieses sowie seine 1850 publizierte Schrift "Der Glaube an Gottes Wort bahnt den einzig sicheren Weg in den Himmel" und die "Verba salutis", die er 1843 als Jubelpriester an seinen Klerus gerichtet hatte, zählen zum "geistlichen Testament" des Bischof Ziegler.
In seinem ausführlichen "materiellen" Testament setzte er Domkirche und Knabenseminar zu Universalerben ein. Mit einer ansehnlichen Zahl von Legaten wurden das Priesterseminar, Klöster, Caritasanstalten und auswärtige Missionen bedacht, seine ansehnliche Bibliothek (darunter auch die zeitgenössische Ausgabe der Confessio Augustana) und die Einrichtung des Bischofshofes, die er erst beschaffen mußte, auch die bischöfliche Gala-Kutsche, die beim Domweihefest 1924 letztmals zum Einsatz kam, zählten dazu.
Bischof Ziegler wurde in der Gruft des Alten Domes, das Herz nach einer testamentarischen Verfügung in einer Kupferurne in der Gruft des ehemaligen Benediktinerstiftes Gleink beigesetzt.