In Linz erhielten die Ursulinen, zunächst widerwillig, 1679 die Genehmigung für einer Niederlassung, nachdem sie zusagten, eine Schule für Töchter von Adeligen und Bürgern zu errichten. Die Bildung von Mädchen war dem Orden ein besonderes Anliegen.

Im Sinne der Schulreform von Kaiserin Maria Theresia 1774 wurde bereits drei Jahre später die erste Hauptschule für beinahe 300 Mädchen eingeführt. Kaiser Josef II. anerkannte nach einem Besuch die hohe Qualität der Bildung, wodurch das Kloster einschließlich Schule bestehen blieb. Auch der kritische Landesschulrat Adalbert Stifter fand Jahrzehnte später lobende Worte für die Ausbildung in der Klosterschule.

Im 20. Jhdt. führte der Orden einen Kindergarten, eine Volksschule, eine Hauptschule, eine Frauenfachschule und ein Mädchengymnasium. In der Zeit des Nationalsozialismus musste das Kloster und die Schulen geschlossen werden. Die Klostergebäude wurden als Gericht und Gefängnis verwendet. In dieser Zeit war auch der Wehrdienstverweigerer Franz Jägerstätter hier inhaftiert, bevor er in Berlin hingerichtet wurde (Gedenktafeln im Hof und in der Kirche erinnern daran). Nach dem Krieg erhielten die Ursulinen die Gebäude zurück und nahmen die Arbeit wieder auf.

Der Nachwuchsmangel veranlasste den Orden 1968 die Schulen aufzulösen. Das Land OÖ erwarb die Klostergebäude und gestaltete sie in ein Kulturzentrum um. Die Kirche wurde von der Diözese Linz übernommen und wird nach der Renovierung seit 1985 als Kunst-, Kultur- und Akademikerkirche genutzt.